В аспирантуре Академии ведется подготовка по 10 научным специальностям:
- 05.04.02 — Тепловые двигатели.
- 05.05.04 — Дорожные, строительные и подъемно-транспортные машины.
- 05.08.03 — Проектирование и конструкция судов.
- 05.08.04 — Технология судостроения, судоремонта и организация судостроительного производства.
- 05.08.05 — Судовые энергетические установки и их элементы (главные и вспомогательные).
- 05.22.17 — Водные пути и сообщения и гидрография.
- 05.22.19 — Эксплуатация водного транспорта, судовождение.
- 08.00.05 — Экономика и управление народным хозяйством.
- 05.22.01 — Транспортные и транспортно-технологические системы страны, ее регионов, организация производства на транспорте.
- 12.00.10 — Международное право, Европейское право.